水体黑臭现象往往是由于水中氮磷浓度较高引起藻类暴发等次生问题，造成水质恶化、藻毒素问题和其他水生生物的大量死亡，继而导致黑臭复发。城市河道富营养化控制的关键是磷的控制，目前污水处理厂出水标准中磷的指标限值远高于地表水标准限值。因此，在有条件的地方实行区域限磷或提高污水总磷排放标准是十分有效的措施。进入水体的磷大多以磷酸盐形式沉淀在底泥中，因此保持水—泥界面弱碱性、有氧状态是河道整治富营养化控制的主要举措。藻类生长人工控制技术包括各种物理、化学和生物技术。物理控制技术包括藻类直接收集和紫外线杀藻等，化学控制技术包括投加无机或有机抑(杀)藻剂，生物控制技术包括种植抑藻水生植物或投放食藻鱼类等。这些措施一般在应急时采用。水生态修复包括水生植物和水生动物(如鱼类、底栖动物等)食物链的修复与水文生态系统构建。利用生态学原理构建的食物链，可以持续去除城市水体中污染物和营养物，改善水体生境。

一是建立以溶解氧为核心指标的评价体系。黑臭水体治理的关键是改善水体的溶解氧状态，使水体由低氧/厌氧恢复到正常的好氧状态。国家重大水专项相关研究成果，建议以溶解氧为核心，建立包括臭阈值、透明度、色度等4项指标黑臭水体评价体系。其阈值为：溶解氧1mg/L、臭阈值100、透明度25cm、色度20，当其中任意一个指标值超过阈值时，则可判定其为黑臭水体。按照《水污染防治行动计划》任务分解，评价体系将由住房城乡建设部门负责编制。

二是先截污后修复，综合手段治理黑臭水体。河流黑臭问题的本质是污染物输入超过河流水环境容量。在流域尺度上采取污染源工程治理等截污措施，能够大幅度削减入河污染负荷，是消除黑臭问题的首要举措。同时将河岸带修复、人工充氧等河道内工程措施作为污染负荷削减的重要补充手段，进一步降低污染水平。在河流水质得到有效改善的基础上，通过水生生物(如水生植物、鱼类、鸟类)等的恢复，逐步实现河流生态修复，达到消除黑臭的目的。

三是改善生态条件，让水流动起来。我国大多数城镇河流水深为1m～3m，在一般条件下，大气氧可以穿透上覆水体到达河流沉积物表层。然而，由于排污加剧，大量COD和氨氮等耗氧污染物在水—沉积物界面累积，导致溶氧大量消耗而形成缺氧跃变层。增加河流水生态条件，可以改变城市水体水土界面亏氧状况。一般情况下，维持河流水体流速0.4m3/s～1.0 m3/s，就可以打破溶氧跃变层形成的理化条件，使得水土界面层的溶氧维持在3 mg/L以上，可以有效控制水体底质污染。流水不腐，是缓减甚至基本消除河流黑臭的关键因素。

消除黑臭水体只是建设娱乐水体的第一步。娱乐水体水质要适合游泳、赛船、垂钓等水上运动，其评价指标包括病原微生物、水下植物种群结构、叶绿素含量、水流速度、岸边植被覆盖度、有毒有害物质和人文文化等，尚需要持久的努力。